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Cy3是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。它的荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用530nm～561nm的激光束激发然后用TRITC的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。标记后，Cy3的背景荧光一般认为比TAMRA等TRITC系列的染料低。Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。

炔烃(alkyne)是常用生物标记基团。通过铜催化点击化学反应(CuAAC)，炔烃可以和叠氮(azide)生成稳定的生物链接。点击化学反应效率很高，可在水相中(也可有机相)快速完成，即便在低浓度(μM)下。点击化学反应技术发展很成熟，各种相关试剂商业可得，各种生物标记应用广泛。

Cy3标记后的产物Ex/Em是554/566nm。和它具有相似荧光特性的染料包括TAMRA，Alexa Fluor 555，DyLight 550，BODIPY TMR-X等。

CAS号	1902918-31-3
分子式	C33H40ClN3O
分子量	530.14
结构式
光谱特性	Ex/Em＝554/566nm(PBS缓冲液)
消光系数	150000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.31
外观	红色粉末
溶解性	可溶于氯仿，甲醇，乙腈，DMF等有机溶剂，微溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Cy3-炔烃水溶性较低，如需在水相中标记可选择磺化Cy3-炔烃(YF0114)。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。